Bosnia, dengan populasi etnik campurannya, tidak pernah mengembangkan simbol kebangsaan yang tersendiri. Di bawah Yugoslavia yang dipimpin komunis dari 1946 hingga 1991–92, misalnya, Republik Sosialis Bosnia dan Herzegovina hanya menggunakan sepanduk merah dengan versi kecil bendera kebangsaan Yugoslavia di kanton. Pada saat kemerdekaan diisytiharkan pada 3 Maret 1992, tidak ada bendera yang dapat diterima oleh orang Bosnia, Serbia, dan Kroasia. Oleh itu, pemerintah yang dikuasai Bosnia mengadopsi apa yang diharapkan akan menjadi simbol neutral dari masa lalu. Ini memilih lambang yang digunakan oleh Raja Stjepan Tomaš (memerintah 1443–61), yang dikaitkan dengan penguasa Bosnia abad pertengahan terhebat, Tvrtko I (1377–91). Perisai biru itu dengan jalur pepenjuru putih yang memisahkan enam fleurs-de-lis emas diletakkan di tengah bendera putih. Persembahan seni, yang diadopsi secara rasmi pada 4 Mei 1992, diciptakan oleh Zvonimir Bebek.
Bendera ini ditolak oleh banyak orang Kroasia dan Serb kerana bangsa itu tergelincir dalam perang saudara. Perjanjian damai yang ditandatangani di Dayton, Ohio, AS, pada akhir 1995 mengakui pembahagian negara antara Republik Serb dan Persekutuan Bosnia dan Herzegovina, yang sering disebut sebagai persekutuan Kroasia-Muslim. Setiap negara mempunyai simbolnya sendiri, dan orang-orang Kroasia terus menggunakan bendera Kroasia lebih memilih bendera persekutuan, tetapi bendera republik 1992 masih diakui di peringkat antarabangsa.
Perjanjian 1995 meminta penciptaan bendera akhirnya untuk menggantikan reka bentuk 1992, tetapi badan perundangan nasional tidak efektif dalam hal ini. Oleh itu, PBB menubuhkan bendera baru (4 Februari 1998) yang tidak dapat dikaitkan secara simbolik dengan satu etnik, agama, atau kumpulan politik.
