John Knowles Paine, (lahir 9 Januari 1839, Portland, Maine, AS — meninggal 25 April 1906, Cambridge, Mass.), Komposer dan organis, orang Amerika pertama yang mendapat pengiktirafan luas sebagai komposer dan profesor muzik pertama di sebuah universiti Amerika.
Setelah landasan muzik yang teliti di Portland, Paine menamatkan pengajiannya di Berlin (1858–61). Pada tahun 1861, dia memulakan siri pertunjukan organ dan kuliah di Boston yang menyebabkan pelantikannya pada tahun 1862 sebagai instruktur (kemudian profesor) muzik di Universiti Harvard. Jabatan muzik yang dianjurkannya menjadi model bagi banyak universiti Amerika lain.
Baik sebagai guru dan sebagai komposer, dia sangat mempengaruhi perkembangan muzik di Amerika Syarikat. Karya-karyanya, yang umumnya dimodelkan pada klasik Jerman, merangkumi dua simfoni, Misa dalam D (1866–67), dan oratorio St. Peter (1872).
