Bendera ini diadopsi oleh Majlis Wilayah pada tahun 1967. Jalur menegak yang tidak sama disebut sebagai "pucat Kanada" kerana sesuai dengan bendera nasional Kanada. (Dalam heraldry, pucat adalah garis menegak tengah pada perisai, biasanya meliputi sepertiga atau kurang dari kawasan itu.) Jalur hijau di bendera Yukon adalah untuk hutan wilayah, sementara biru untuk sungai dan tasik; putih adalah untuk salji Artik. Lambang pusat adalah lambang resmi Yukon, yang diberikan kepada wilayah itu pada 24 Februari 1956, melalui surat perintah kerajaan. Lambang ini direka oleh Komandan Alan B. Beddoe, sedangkan bendera itu adalah konsep Mr. Lynn Lambert, seorang pelajar di Haines Junction.
Lambang di lambang itu mempunyai seekor anjing Malamute, yang digunakan secara meluas dalam pembukaan wilayah Yukon yang kaya dengan mineral ke tempat tinggal Eropah. Jalur menegak bergelombang di perisai bermaksud Sungai Yukon, segitiga merah menunjukkan gunung, dan cakera emas merujuk kepada emas dan mineral lain. Salib St. George (dari England), ditambah simbol heraldik untuk bulu dan bunga wilayah (fireweed), melengkapkan reka bentuk lambang.
