Sungai Kootenay, juga dieja Kootenai, aliran di barat Amerika Utara, naik di Pegunungan Rocky di sebelah barat Banff, Alta., Can. Ia mengalir ke selatan melalui Taman Negara Kootenay di British Columbia, Can., Keluar dari Rockies untuk mengalir secara am ke selatan di parit Rocky Mountain. Ia berayun ke selatan ke Montana, AS, dalam gelung berbentuk U yang luas dan kemudian ke utara ke Idaho dan kembali ke Kanada sebelum meluas ke Tasik Kootenay yang panjang dan sempit di British Columbia; dari sebelah barat tasik itu mengalir ke Sungai Columbia di Castlegar.
Kira-kira 130 batu (210 km) sepanjang 485 batu (780 kilometer) panjang sungai berada di Amerika Syarikat. Kootenay jatuh 365 kaki (111 m) dalam jarak 25 batu (40 km) antara Tasik Kootenay dan Sungai Columbia. Di bahagian ini, beberapa empangan membekalkan tenaga ke peleburan logam asas dan kilang di Trail, BC Sungai ini dapat dilalui dari Bonners Ferry, Idaho, ke Nelson, BC
The Kootenay, yang dieksplorasi pada tahun 1807 oleh peniaga bulu British David Thompson dan pernah disebut Flat Bow, berasal namanya dari kata India yang bermaksud "orang air."
