Dahulu jajahan Inggeris, Seychelles merdeka pada 29 Jun 1976. Bendera yang dikibarkan pada waktu itu mempunyai segitiga biru dan merah bergantian, dipisahkan oleh salib pepenjuru putih. Mungkin tidak secara kebetulan, bendera itu hampir sama dengan yang digunakan oleh Australasian United Steam Navigation Company, yang kapalnya kerap mengunjungi pulau-pulau tersebut pada awal abad ke-20. Bendera itu tidak bertahan lama: revolusi berlaku pada 5 Jun 1977, di bawah pimpinan Parti Bersatu Rakyat Seychelles (SPUP). Bendera baru mempunyai jalur mendatar merah-hijau yang dipisahkan oleh jalur putih bergelombang, yang sama dengan bendera SPUP kecuali untuk peninggalan cahaya matahari kuning di tengahnya.
Pada tahun 1993 tekanan dari kuasa asing menyebabkan pendemokrasian pemerintah. Parti yang berkuasa kehilangan monopoli dalam pilihan raya, dan penyertaan parti-parti lain dalam pemerintahan menyebabkan permintaan untuk bendera nasional yang kurang partisan. Parlimen meluluskan reka bentuk yang menggabungkan warna pelbagai pihak dalam bendera yang dikibarkan pada 18 Jun 1996. Warna bendera berwarna biru (untuk langit dan laut), kuning (untuk matahari yang menghidupkan), merah (untuk orang dan pekerjaan mereka untuk kesatuan dan cinta), putih (untuk keadilan sosial dan keharmonian), dan hijau (untuk tanah dan persekitaran semula jadi).
