Parti Afrika untuk Kemerdekaan Guinea dan Tanjung Verde (PAIGC) mendapat sokongan sedia di jajahan Portugis untuk mesej kemajuan sosial dan ekonominya melalui revolusi politik. Pada tahun 1961, ia mengibarkan bendera yang serupa dengan negara-negara merdeka di Guinea dan Ghana, yang kemudian membincangkan persekutuan tanah Afrika Barat yang akan datang. Untuk pan-Afrika merah-kuning-hijau mereka, gerakan pembebasan untuk Guinea-Bissau menambahkan bintang hitam di jalur pengangkat. Jalur dan bintang itu sesuai secara geografis dengan wilayah pesisir barat dengan ibu kotanya, Bissau (dari mana nama nasional berasal). Jalur mendatar di bahagian baki yang tersisa dan warna kuning dan hijau mereka kira-kira sesuai dengan savana di utara dan hutan di selatan.
Secara rasmi bintang hitam itu dikatakan sebagai simbol kepimpinan PAIGC, warnanya merujuk kepada orang Afrika dan tekad mereka untuk hidup dalam maruah, kebebasan, dan kedamaian. Kuning ditafsirkan sebagai simbol panen dan hasil kerja, baik dalam pertanian dan sebaliknya. Green mengingatkan hutan yang luas dan tanah pertanian, yang memberi rezeki kepada sebahagian besar warga. Bendera parti juga memasukkan inisial PAIGC, dihilangkan ketika kemerdekaan diisytiharkan pada 24 September 1973. Portugal tidak mengiktiraf Guinea-Bissau atau benderanya sehingga setelah revolusi sendiri pada tahun 1974; walaupun begitu, sebahagian besar Guinea-Bissau sudah berada di bawah kendali PAIGC dan benderanya. Tanjung Verde akhirnya meninggalkan politik Marxis PAIGC dan mengubah bendera kebangsaannya, tetapi Guinea-Bissau tetap mempertahankan rancangan asalnya.
