Dalam perwakilan seni yang berbeza, bangunan pusat Angkor Wat telah muncul di bendera kebangsaan Khmer sejak abad ke-19, pada masa awal protektorat Perancis ke atas Kemboja. Bendera pertama berwarna merah bersempadan biru dengan kuil berwarna putih. Bendera ini "dimodernisasi" pada tahun 1948 dengan menggunakan garis-garis mendatar yang tidak sama dengan warna biru tua, merah, dan biru tua, dan kuil itu diubah agar sesuai dengan yang asli. Bendera itu terus digunakan setelah Kemboja merdeka. Namun, berakhirnya pemerintahan monarki dan pengisytiharan Republik Khmer menghasilkan bendera baru pada bulan Oktober 1970. "Bendera inti" menjadi kanton, sementara bidangnya berwarna biru dengan tiga bintang putih.
Pemberontak komunis pertama kali menggunakan bendera 1948–70 tetapi berkuasa pada April 1975 di bawah bendera merah biasa. Ketika Kampuchea Demokrat mereka mengadopsi perlembagaannya pada bulan Januari 1976, siluet kuil kuning tiga menara diletakkan di tengah bendera merah, hanya akan diganti dengan kuil kuning lima menara ketika pasukan yang didukung Vietnam mengisytiharkan Republik Rakyat Kampuchea pada tahun 1979. Kerajaan saingan "Negara Kemboja" (Khmer Rouge) dan "Kemboja" (Vietnam) membuat penyesuaian bendera lebih lanjut sebelum pemerintahan PBB, yang mengibarkan bendera biru muda dengan peta siluet negara di tengahnya. Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu membantu mengakhiri pertikaian sipil, dan ini menyebabkan negara itu membebaskan pilihan raya pada tahun 1993. Bendera 1948–70 sekali lagi dikibarkan pada 30 Jun tahun itu.
