Pengelasan mengikut "watak semula jadi"
Linnaeus tidak menganggap sistem seksual menjadi sumbangan utamanya terhadap "reformasi botani" yang diinginkannya. Sumbangan utamanya datang dalam bentuk buku kecil, Fundamenta Botanica (1736; "The Foundations of Botany"), yang merangkumi prinsip dan peraturan yang harus diikuti dalam klasifikasi dan penamaan tanaman.
Pada tahun 1735 Linnaeus bertemu Boerhaave, yang memperkenalkan Linnaeus kepada George Clifford, seorang pedagang dan banker Inggeris tempatan yang mempunyai hubungan rapat dengan Syarikat Hindia Timur Belanda. Terkesan dengan pengetahuan Linnaeus, Clifford menawarkan posisi Linnaeus sebagai kurator kebun botaninya. Linnaeus menerima kedudukan itu dan menggunakan kesempatan ini untuk memperluas bab-bab tertentu Fundamenta Botanica dalam penerbitan berasingan: Bibliotheca Botanica (1736; "Perpustakaan Botani"); Critica Botanica (1737; "Kritikan Botani"), pada tatanama botani; dan Kelas Plantarum (1738; "Kelas Tumbuhan"). Dia menerapkan kerangka teori yang ditetapkan dalam buku-buku ini dalam dua penerbitan selanjutnya: Hortus Cliffortianus (1737), katalog spesies yang terdapat dalam koleksi Clifford; dan Genera Plantarum (1737; "Genera Tumbuhan"), yang mengubah dan memperbaharui definisi genera tumbuhan yang pertama kali ditawarkan oleh Tournefort.
Genera Plantarum dianggap oleh Linnaeus sebagai pencapaian taksonomi puncaknya. Berbeza dengan percubaan sebelumnya oleh ahli botani lain dalam definisi generik, yang dilanjutkan oleh sekumpulan pembelahan sewenang-wenangnya, Genera Plantarum mengemukakan sistem berdasarkan apa yang disebut Linnaeus sebagai "watak semula jadi" dari genera — deskripsi morfologi semua bahagian bunga dan buah. Berbeza dengan sistem yang didasarkan pada perpecahan sewenang-wenangnya (termasuk sistem seksualnya sendiri), sistem berdasarkan watak semula jadi dapat menampung jumlah spesies baru yang semakin meningkat - sering memiliki ciri-ciri morfologi yang berbeza - mengalir ke Eropah dari pos perdagangan dan jajahannya di luar negeri.
Walau bagaimanapun, perbezaan Linnaeus antara klasifikasi organisma buatan dan semula jadi menimbulkan persoalan mengenai mekanisme yang membolehkan organisma jatuh ke dalam hierarki semula jadi. Dia hanya dapat menjawab pertanyaan ini sehubungan dengan spesies: spesies, menurut Linnaeus, memiliki bentuk yang serupa karena berasal dari pasangan ibu bapa yang sama yang diciptakan oleh Tuhan pada awal dunia. Banyak orang sezamannya berkongsi konsep spesies yang serupa. Salah satu tokoh terkenal ialah naturalis Perancis Georges-Louis Leclerc de Buffon, yang terlibat dalam projek sejarah semula jadi yang serupa pada masa itu — walaupun Buffon meragui adanya genera, pesanan, atau kelas semula jadi. Linnaeus cuba menjelaskan kewujudan bahagian ini dalam konteks hibridisasi; namun, persoalan hierarki semula jadi tidak akan mendapat jawapan yang memuaskan sehingga naturalis Inggeris Charles Darwin menjelaskan kesamaan dengan keturunan yang sama dalam Origin of Species (1859).
