Evolusi strain virus baru
Virus yang menjangkiti haiwan dapat melompat dari satu spesies ke spesies lain, menyebabkan penyakit baru, biasanya parah pada inang baru. Sebagai contoh, pada tahun 2003 virus dalam keluarga Coronaviridae melompat dari takungan haiwan, yang dipercayai kelelawar, kepada manusia, menyebabkan penyakit yang sangat patogen pada manusia yang disebut sindrom pernafasan akut teruk (SARS). Kemampuan coronavirus SARS untuk melompat dari kelawar tapal kuda ke manusia pasti memerlukan perubahan genetik dalam virus. Perubahan tersebut diduga terjadi di musang sawit, kerana virus SARS yang terdapat pada kelawar tapal kuda tidak dapat menjangkiti manusia secara langsung.
Virus yang baru muncul seperti itu sering menular pada manusia, kerana belum pernah dijumpai oleh sistem imun manusia dan oleh itu manusia tidak mempunyai kekebalan terhadapnya. Coronavirus yang menyebabkan SARS, misalnya, menyebar dengan cepat di kalangan manusia, menjadi ancaman penyakit yang ketara. Virus dengan cepat dikendalikan, kerana larangan melakukan perjalanan dan tindakan karantina. Pada akhir 2019 jenis coronavirus lain, yang disebut SARS-CoV-2, muncul di China dan menyebar dengan cepat ke seluruh dunia, sehingga menimbulkan wabak. SARS-CoV-2 menyebabkan penyakit yang dikenali sebagai penyakit koronavirus 2019 (COVID-19), yang sangat mirip dengan SARS tetapi menyebabkan kematian yang jauh lebih tinggi, terutama di kalangan orang yang berumur 65 tahun ke atas.
Virus influenza A yang menjangkiti manusia dapat mengalami perubahan antigenik yang dramatis, yang disebut antigenic shift, yang menghasilkan virus yang menyebabkan pandemik. Perubahan dramatik ini berlaku kerana virus influenza A mempunyai takungan haiwan yang besar, burung akuatik liar. Genom RNA virus influenza A adalah dalam bentuk lapan segmen. Sekiranya inang perantara, mungkin babi, dijangkiti serentak dengan virus manusia dan virus flu burung, segmen RNA genom dapat disusun semula, menghasilkan virus baru yang mempunyai protein permukaan yang berbeza secara imunologi daripada virus influenza A yang telah beredar dalam populasi manusia. Oleh kerana populasi manusia akan memiliki sedikit atau sedikit pun perlindungan imunologi terhadap virus baru, maka akan terjadi wabah. Inilah yang paling mungkin terjadi pada pandemi selesema 1957, pandemi selesema 1968, dan pandemi influenza (H1N1) tahun 2009.
Virus pandemik influenza A juga nampaknya timbul oleh mekanisme yang berbeza. Telah didalilkan bahawa strain yang menyebabkan wabak influenza tahun 1918-19 berasal semua lapan segmen RNA dari virus burung dan bahawa virus ini kemudian mengalami banyak mutasi dalam proses penyesuaian dengan sel mamalia. Virus selesema burung, yang telah menyebar dari Asia ke Eropah dan Afrika sejak tahun 1990-an, nampaknya mengambil jalan menuju kemampuan pandemi. Virus ini, yang secara langsung ditularkan dari ayam ke manusia, hanya mengandung gen burung dan sangat patogen pada manusia, menyebabkan angka kematian lebih tinggi dari 50 persen. Virus selesema burung belum memperoleh kemampuan untuk menyebarkan secara efisien dari manusia ke manusia, dan tidak diketahui perubahan genetik apa yang mesti dilakukan untuk mereka melakukannya.
