Roderick MacKinnon, (lahir pada 19 Februari 1956, Burlington, Massachusetts, AS), doktor Amerika, penerima hadiah Nobel Kimia pada tahun 2003 untuk penyelidikan perintisnya mengenai saluran ion dalam membran sel. Dia berkongsi penghargaan itu dengan Peter Agre, juga dari Amerika Syarikat.
MacKinnon memperoleh gelar MD dari Tufts University School of Medicine pada tahun 1982. Setelah berlatih perubatan selama beberapa tahun, dia beralih kepada penyelidikan asas, bermula pada tahun 1986 dengan pekerjaan pasca doktoral pada saluran ion di Universiti Brandeis. Pada tahun 1989 dia bergabung dengan Universiti Harvard, dan pada tahun 1996 dia pindah ke Universiti Rockefeller sebagai profesor dan ketua makmal. Setahun kemudian dia dilantik sebagai penyiasat di Rockefeller's Howard Hughes Medical Institute.
Yang sangat penting bagi sistem saraf dan jantung, saluran ion adalah bukaan khusus dalam membran sel yang membolehkan ion, seperti kalium dan natrium, mudah mengalir masuk dan keluar dari sel; struktur serupa juga wujud untuk laluan air. Kerja pemecah tanah MacKinnon tertumpu pada "penapis" di saluran yang menyebarkan satu jenis ion sambil menyekat yang lain. Untuk memahami bagaimana penapis ini berfungsi, dia memperoleh gambar saluran yang lebih tajam menggunakan difraksi sinar-X. Pada tahun 1998, dia menentukan struktur molekul tiga dimensi saluran ion. Saluran, yang dijumpai oleh MacKinnon, mempunyai arsitektur berukuran dengan cara yang mudah melucutkan ion kalium - tetapi bukan ion natrium - molekul air yang berkaitan dan membolehkannya masuk. Dia juga menemukan "sensor" molekul di hujung saluran yang paling dekat dengan bahagian dalam sel yang bertindak balas terhadap keadaan di sekitar sel, menghantar isyarat yang membuka dan menutup saluran pada waktu yang sesuai. Karya perintisnya memungkinkan para saintis untuk meneruskan pengembangan ubat untuk penyakit di mana saluran ion berperanan.
