Sistem taksonomi
Taksonomi, sains mengklasifikasikan organisma, berdasarkan filogeni. Sistem taksonomi awal tidak mempunyai asas teori; organisma dikumpulkan mengikut kesamaan yang jelas. Sejak penerbitan pada tahun 1859 Charles Darwin's On the Origin of Species by Means of Natural Selection, taksonomi telah didasarkan pada cadangan yang diterima dari keturunan dan hubungan evolusi.
Data dan kesimpulan filogeni menunjukkan dengan jelas bahawa pokok kehidupan adalah hasil dari proses evolusi sejarah dan tahap kemiripan di dalam dan di antara kumpulan sesuai dengan tahap hubungan dengan keturunan dari nenek moyang bersama. Filogeni yang dikembangkan sepenuhnya adalah mustahak untuk merangka taksonomi yang mencerminkan hubungan semula jadi dalam dunia makhluk hidup.
Bukti untuk filogeni tertentu
Ahli biologi yang mendalilkan filogeni memperoleh bukti yang paling berguna dari bidang paleontologi, anatomi perbandingan, embrio perbandingan, dan genetik molekul. Kajian struktur molekul gen dan taburan geografi flora dan fauna juga berguna. Rekod fosil sering digunakan untuk menentukan filogeni kumpulan yang mengandungi bahagian badan yang keras; ia juga digunakan untuk mengetahui masa perbezaan spesies dalam filogeni yang telah dibina berdasarkan bukti molekul.
Sebilangan besar data yang digunakan dalam membuat penilaian filogenetik berasal dari perbandingan anatomi dan dari embrio, walaupun data tersebut cepat dilampaui oleh sistem yang dibangun menggunakan data molekul. Dalam membandingkan ciri yang serupa dengan spesies yang berbeza, ahli anatomi cuba membezakan antara homologi, atau persamaan yang diwarisi dari nenek moyang yang sama, dan analogi, atau persamaan yang timbul sebagai tindak balas terhadap tabiat dan keadaan hidup yang serupa.
Penyelidikan biokimia yang dilakukan pada separuh terakhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 menyumbang data berharga untuk kajian filogenetik. Dengan mengira perbezaan urutan unit yang membentuk molekul protein dan asid deoksiribonukleik (DNA), para penyelidik telah membuat alat untuk mengukur sejauh mana spesies yang berlainan telah berubah sejak berkembang dari nenek moyang bersama. Kerana DNA mitokondria mempunyai kadar mutasi yang sangat tinggi dibandingkan dengan DNA nuklear, berguna untuk menjalin hubungan antara kumpulan yang telah berubah baru-baru ini. Pada dasarnya, penerapan genetik molekul untuk sistematik serupa dengan penggunaan radioisotop dalam temu janji geologi: molekul berubah pada kadar yang berbeza, dengan beberapa, seperti DNA mitokondria, berkembang dengan cepat dan lain-lain, seperti RNA ribosom, berkembang perlahan. Andaian penting ketika menggunakan molekul untuk pembinaan semula filogeni adalah memilih gen yang sesuai untuk usia takson yang dikaji.
