Majlis Trent.
Pada bulan Mei 1536, Paus Paulus menerbitkan lembu konvokesyen untuk majlis yang dicadangkannya diadakan di Mantua. Dia juga mengizinkan sekumpulan kardinal terpilih untuk membuat laporan mengenai penganiayaan di dalam gereja. Dipandu oleh Kardinal Gasparo Contarini, kelompok ini mengecam penahbisan imam yang kurang siap, pemilihan uskup yang tidak kompeten, pengumpulan bantuan, dan penurunan perintah agama, khotbah, dan perawatan jiwa. Laporan itu, bagaimanapun, jatuh ke tangan Protestan dan digunakan oleh Luther dalam serangan ganas terhadap Gereja Rom dan kepausan. Walaupun begitu, Paus meneruskan rancangannya untuk mengadakan majlis itu, yang dijadualkan dibuka pada 23 Mei 1537, di Mantua. Dengan kesabaran yang tidak terhingga, Paul berusaha mengatasi penentangan Maharaja, raja, prelatus, dan pangeran, melakukan prorogging dan menangguhkan pembukaan dewan itu berulang-ulang selama sembilan tahun, tetapi akhirnya berjaya membuatnya diresmikan oleh legenda, Kardinal Giovanni del Monte, di Trent pada 13 Disember 1545.
Sebagai penghormatan kepada tuntutan Protestan, Kaisar menegaskan bahawa dewan itu hanya menguruskan masalah disiplin dan reformasi. Namun demikian, keputusan Paus bahwa hal-hal doktrin harus diutamakan berlaku, dan, dalam sesi awalnya, Dewan Trent memfailkan keputusan mengenai kanun Kitab Suci, dosa asal, pembenaran, dan sakramen, serta reformasi. Ketakutan wabak dan ancaman serangan oleh pasukan Protestan bersenjata mendorong Paus untuk menerima pemindahan dewan ke Bologna pada Februari 1548. Tetapi Kaisar melarang para prelatus Sepanyol dan Jerman pergi ke Bologna, dan Paus harus menangguhkan Majlis pada 17 September 1549. Walaupun begitu, fasa pertama Majlis Trent ini telah mencapai langkah maju yang besar, yang membawa kepada pembaharuan menyeluruh terhadap pengajaran dan disiplin Gereja.
Sepanjang kepausannya, Paus Paulus sering mengunjungi tempat-tempat bermasalah di Negeri-negeri Kepausan dan seterusnya. Dia berada di Civitavecchia pada tahun 1535 dan 1537; melawat Lucca dan Piacenza dalam perjalanan ke Nice pada tahun 1538; muncul di Perugia untuk menenangkan kota setelah pasukannya mematahkan kuasa keluarga Colonna pada tahun 1540; dan pada tahun 1543 mengunjungi Bologna dalam perjalanan ke Busseto untuk bertemu dengan Kaisar.
