John Cotton, (lahir 4 Disember 1585, Derby, Derbyshire, Eng. — meninggal 23 Disember 1652, Boston, Mass. [AS]), pemimpin Puritan New England yang berpengaruh yang melayani terutamanya sebagai "guru" Gereja Pertama Boston (1633–52) setelah melarikan diri dari penganiayaan terhadap Nonconformis oleh Gereja England.
Mendidik di Trinity College, Cambridge, Cotton menjadi wakil gereja paroki St. Botolph di Boston, Lincolnshire, pada tahun 1612 dan kekal dalam jawatan itu selama 21 tahun. Selama ini dia secara bertahap menjadi lebih Puritan dalam pandangannya, dan dia tidak lagi memperhatikan upacara keagamaan Anglikan tertentu dalam pelaksanaan tugasnya. Pada tahun 1632 tindakan hukum diambil terhadapnya karena ketidaksesuaiannya, dan pada bulan Juli 1633 dia berhijrah ke Massachusetts Bay Colony, di mana dia menjadi "guru" Gereja Pertama Boston, yang masih ada hingga kematiannya. Popularitinya di jajahan itu tidak terbatas, dan pengaruhnya dalam urusan sipil dan gerejawi mungkin lebih besar daripada menteri lain di teokratik New England.
Cotton menulis beberapa karya yang merupakan eksposisi Kongregasionalisme New England yang tidak ternilai, termasuk The Way of the Churches of Christ di New England (1645) dan The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Katekismus yang ditulisnya, Milk for Babes, Drawn out of the Breast of Both Testaments (1646), digunakan secara meluas selama bertahun-tahun di New England untuk pengajaran agama anak-anak.
