Moldova mengisytiharkan kemerdekaan semasa Perang Dunia I. Pada berbagai masa pada abad sebelumnya, ia telah menjadi sebahagian dari Moldavia, Rusia, Kerajaan Uthmaniyyah, dan Romania, dan simbol-simbolnya berasal dari hubungan sejarah dan budaya dengan Moldavia dan Romania. Bendera pada bulan Disember 1917 adalah warna kuning tradisional Romania dengan warna biru, kuning, dan merah dalam format mendatar. Di tengahnya adalah kepala aurochs, lembu Eropah yang pupus. Bendera ini hanya sebentar kerana Moldova dimasukkan ke Romania pada bulan April 1918. Kesatuan Soviet memperoleh Moldova pada tahun 1940, dan, setelah penjajahan Jerman dan Romania hingga tahun 1944, Republik Sosialis Soviet Moldavia ditubuhkan semula. Bendera khasnya, yang diadopsi pada tahun 1952, menambah jalur mendatar hijau di tengah-tengah Panji Merah Soviet. Green dikatakan sebagai pengganti aktiviti tanaman anggur dan aktiviti pertanian lain di kawasan ini.
Menjelang tahun 1989, pergolakan menentang pemerintahan komunis kuat di Moldova, dan warna tiga warna biru-kuning-merah Romania menjadi simbol yang popular. Ia secara rasmi menggantikan bendera komunis pada bulan Mei 1990. Lapisan lengan baru Moldova, berdasarkan reka bentuk tradisional, ditambahkan pada 3 November tahun itu: Pada payudara helang adalah perisai dengan kepala aurochs dikelilingi oleh sabit, bintang, dan bunga. Lambang tradisional wilayah Romania Walachia, helang memegang tongkat dan cabang zaitun di cakarnya dan salib di paruhnya. Warna perisai merah, biru, dan emas mencerminkan warna tiga warna nasional. Bendera tetap rasmi berikutan kemerdekaan Moldova pada tahun 1991.
