Secara tradisional, suara guruh di banyak gunung dan lembah Bhutan diyakini sebagai suara naga, dan negara ini dikenal sebagai "Tanah Naga Guntur" dalam bahasa asalnya. Walau bagaimanapun, reka bentuk naga bendera mungkin telah dipengaruhi oleh reka bentuk serupa yang digunakan selama berabad-abad oleh orang-orang Cina yang berjiran. Di cakarnya, naga di bendera menggenggam perhiasan, berdiri untuk kekayaan negara dan untuk kesempurnaan. Naga, yang pada awalnya berwarna hijau, kini berwarna putih, melambangkan kesucian dan kesetiaan pelbagai etnik di negara ini. Warna kuning-oren, yang secara resmi digambarkan oleh pemerintah Bhutan sebagai kuning, melambangkan kekuasaan raja, sebagai ketua pemerintahan sekular, sementara oren-merah dikaitkan dengan Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) dan Rnying-ma-pa (Nyingmapa) mazhab Buddha dan dengan komitmen agama negara.
Tarikh tepat pengenalan bendera ini tidak diketahui, tetapi mungkin berlaku pada tahun 1971 ketika Bhutan bergabung dengan PBB. Sehingga tahun 1960-an Bhutan sebahagian besarnya ditutup untuk dunia luar; hubungan luar negerinya telah dilakukan melalui United Kingdom (1910-49) dan oleh India (dari tahun 1949 hingga 1960-an). Pengasingan dan kekurangan pantai di Bhutan sangat membatasi keadaan di mana bendera nasional diperlukan.
