Gereja Ortodoks Koptik Alexandria, juga disebut Gereja Ortodoks Koptik, gereja Ortodoks Oriental dan gereja Kristian utama di Mesir yang kebanyakannya beragama Islam. Orang-orang Mesir sebelum penaklukan Arab pada abad ke-7 mengenal pasti diri mereka dan bahasa mereka dalam bahasa Yunani sebagai Aigyptios (Arab qibṭ, Westernized as Copt). Ketika umat Islam Mesir kemudian berhenti menyebut diri mereka Aigyptioi, istilah itu menjadi nama khas minoriti Kristian. Pada abad ke-19 dan ke-20 mereka mula menyebut diri mereka sebagai Coptic Orthodox untuk membezakan diri mereka dari Copts yang telah memeluk agama Katolik Roma (lihat juga Gereja Katolik Koptik) dan dari Orthodox Timur, yang kebanyakannya orang Yunani (lihat juga Patriarkat Ortodoks Yunani dari Iskandariah).
Pada abad ke-4 dan ke-5 muncul konflik teologi antara orang Koptik dan orang Rom yang berbahasa Yunani, atau orang Melchites, di Mesir. Dewan Chalcedon (451) menolak doktrin monofitit - kepercayaan bahawa Yesus Kristus hanya mempunyai ketuhanan, bukan manusia, sifat - dan menegaskan ketuhanan dan kemanusiaannya. The Melchites menyedari hasil Chalcedon. Gereja Koptik, bagaimanapun, menjadi salah satu dari beberapa gereja Timur yang menolak bahasa Kristologi mengenai dua sifat Kristus yang dipersetujui di Chalcedon. Namun, sementara gereja-gereja Katolik Roma dan Ortodoks Timur mengecam gereja-gereja Timur ini sebagai bidaah monophysite, gereja Koptik dan gereja-gereja pra-Chalcedonian lain atau (sejak abad ke-20) gereja-gereja Ortodoks Oriental mengadopsi kedudukan teologi yang disebut miaphysitism. Mengakui pernyataan oleh St. Cyril dari Alexandria (sekitar 375–444) yang menyatakan "satu sifat jelmaan dari Firman" Tuhan, miaphysites menyatakan bahawa kedua-dua kemanusiaan dan ketuhanan Kristus hadir sama melalui Penjelmaan dalam satu sifat (maka Awalan Yunani mia, “sama”) seperti Firman yang menjadikan daging. Daripada menafikan kemanusiaan Kristus, seperti yang dituduh mereka lakukan, gereja-gereja Koptik dan miaphysite lain memberikan kemanusiaan dan ketuhanannya kehadiran yang sama dalam diri Kristus.
Setelah penaklukan Arab ke atas Mesir pada abad ke-7, orang-orang Koptik berhenti berbahasa Yunani, dan laras bahasa menambah kontroversi. Berbagai usaha kompromi oleh maharaja Byzantium sia-sia. Kemudian, khalifah Arab, walaupun cenderung memihak kepada mereka yang menganut agama Islam, tidak banyak campur tangan dalam urusan dalaman gereja. Jizya, cukai yang dikenakan kepada orang bukan Islam yang tinggal di sebuah negara Islam, dihapuskan pada abad ke-18.
Bahasa Arab kini digunakan dalam perkhidmatan Gereja Ortodoks Koptik untuk pelajaran dari Alkitab dan banyak pujian yang berubah-ubah; hanya beberapa kekurangan yang mengatakan bahawa orang-orang gereja yang semua faham tidak ada dalam bahasa Arab. Buku-buku layanan, menggunakan liturgi yang dikaitkan dengan St Mark, St. Cyril dari Alexandria, dan St. Gregory dari Nazianzus, ditulis dalam bahasa Koptik (dialek Bohair dari Alexandria), dengan teks Arab dalam lajur selari.
Gereja Ortodoks Koptik mengembangkan sistem pemerintahan demokratik setelah tahun 1890an. Patriark dan 12 uskup keuskupan, dengan bantuan dewan komuniti di mana orang awam diwakili dengan baik, mengatur kewangan gereja dan sekolah dan pentadbiran peraturan yang berkaitan dengan perkahwinan, warisan, dan hal-hal lain yang berstatus peribadi. Apabila patriark meninggal dunia, sebuah kolej pilihan raya, yang kebanyakannya terdiri dari orang awam, memilih tiga bhikkhu yang berkelayakan dan berumur sekurang-kurangnya 50 tahun sebagai calon pejabat bapa. Di antara ketiga-tiga ini, pilihan terakhir dibuat secara undian selepas solat.
Uskup berpangkat tertinggi adalah patriark Alexandria, yang menetap di Kaherah; dia dipanggil paus dan mendakwa kuasa kerasulan untuk jawatannya dari St. Mark. Gereja ini mempunyai sekolah rendah dan menengah sendiri di banyak tempat di Mesir, serta gerakan sekolah-sekolah yang kuat untuk pendidikan agama anak-anak yang tidak dapat pergi ke sekolah Koptik. Terdapat sebuah Institut Pengajian Koptik di Kaherah, sebuah kolej teologi yang berkaitan dengan institusi tersebut, dan sebuah muzium Koptik; pengajaran Gereja Ortodoks Koptik bahkan telah menjadi asas sukatan pelajaran yang digunakan dalam pengajaran agama anak-anak Kristian di sekolah kerajaan.
Terdapat gereja-gereja Ortodoks Koptik di Yerusalem dan di daerah-daerah lain di Tanah Suci, yang dibina pada abad ke-19 dan ke-20, serta sebuah keuskupan Koptik di Khartoum, Sudan. Gereja ini juga mempunyai kehadiran kecil di Amerika Utara, Australia, dan Inggeris. Gereja Ortodoks Ethiopia, Armenia, dan Syriac adalah semua gereja Ortodoks Oriental dalam hubungan dengan Gereja Ortodoks Koptik. Gereja-gereja Ortodoks Oriental dianggap sesat selama berabad-abad oleh gereja-gereja Katolik Rom dan Ortodoks Timur. Namun, sejak akhir abad ke-20, Gereja Ortodoks Koptik, seperti gereja-gereja Ortodoks Oriental lainnya, telah mengadakan dialog dengan kedua-duanya, menyelesaikan banyak perselisihan teologi dan mengumpulkan pengakuan sebagai doktrin dalam arus utama agama Kristian ortodoks.
