Comayagua, kota, Honduras tengah-barat, di tebing kanan Sungai Humuya di lembah yang subur.
Ditubuhkan pada tahun 1537 sebagai Valladolid de Santa María de Comayagua, kota ini berfungsi sebagai ibu kota kolonial Sepanyol di wilayah Honduras. Variasi namanya, Comayaguela, digunakan untuk daerah pemerintahan Tegucigalpa. Ia mengalami kerosakan dalam pergolakan politik abad ke-19 Honduras dan bersaing dengan Tegucigalpa untuk kedudukan ibu negara, tetapi hanya pada tahun 1880 ibukota akhirnya dipindahkan ke Tegucigalpa. Bandar ini juga mengalami kerosakan akibat beberapa gempa bumi dan kebakaran berulang.
Bangunan kolonial merangkumi katedral Baroque Sepanyol yang terkenal (1715), empat gereja abad ke-16, dan bekas universiti - yang pertama di Amerika Tengah, yang ditubuhkan pada tahun 1632. Comayagua mengeluarkan farmasi, kasut, resin, produk simen, dan seramik; ia adalah pusat komersial Honduras barat. Pusat Pertanian kebangsaan terletak di bandar. Sebahagian besar pusat bandar, termasuk katedral dan taman pusat, telah diubahsuai untuk mengembalikan suasana kolonial dan daya tarikan yang unik.
Lebuhraya Antara Laut melintasi bandar. Comayagua juga memiliki lapangan terbang, yang ditingkatkan pada awal 1980-an menjadi pangkalan udara tentera. Tepat di luar Comayagua adalah Palmerola, ketua pangkalan tentera AS di Honduras, yang dikongsi dengan tentera udara Honduran. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92,883.
