Yahya Khan, secara penuh Agha Mohammad Yahya Khan, (lahir 4 Februari 1917, dekat Peshawar, India [sekarang di Pakistan] - meninggal 10 Ogos 1980, Rawalpindi, Pakistan), presiden Pakistan (1969–71), seorang askar profesional yang menjadi panglima panglima angkatan bersenjata Pakistan pada tahun 1966.
Yahya dilahirkan dari keluarga yang berasal dari kelas tentera elit Nāder Shah, penguasa Parsi yang menakluki Delhi pada abad ke-18. Dia mendapat pendidikan di Universiti Punjab dan kemudian menamatkan pengajian pertama di kelasnya dari Indian Military Academy di Dehra Dun. Dia berkhidmat di Itali dan Timur Tengah semasa Perang Dunia II dan, setelah berpisahnya India pada tahun 1947, menganjurkan Kolej Staf Pakistan.
Setelah berkhidmat dalam perang dengan India di wilayah Kashmir, dia menjadi jeneral brigadier termuda Pakistan pada usia 34 tahun dan jeneral termudanya pada usia 40. Dia menjadi ketua komander pada tahun 1966. Anak didik Pres. Mohammad Ayub Khan, Yahya menjadi ketua tentera ketika rusuhan jalanan meletus di negara ini. Ayub meminta dia untuk mengambil alih arahan pemerintah dan memelihara integriti Pakistan. Dia dilantik sebagai ketua pentadbir militer, yang dia nyatakan dengan kata-kata "Saya tidak akan bertolak ansur dengan gangguan. Biarkan semua orang kembali ke jawatannya."
Yahya Khan menggantikan Ayub Khan sebagai presiden ketika yang terakhir mengundurkan diri dari jawatannya pada bulan Mac 1969. Pada tahun 1971 konflik serius meletus antara pemerintah pusat dan Parti Awami yang merupakan Pakistan Timur ketika itu, yang dipimpin oleh Sheikh Mujibur Rahman. Pemimpin Pakistan Timur menuntut otonomi bagi separuh dari negara yang terbagi secara geografi, dan Yahya Khan bertindak balas dengan memerintahkan tentera untuk menekan Parti Awami. Kekejaman yang dilakukan perintahnya dan kemasukan berjuta-juta pelarian Pakistan Timur ke India menyebabkan pencerobohan India ke Pakistan Timur dan kekacauan penjajah Pakistan Baratnya. Pakistan Timur menjadi negara bebas Bangladesh, dan dengan kehilangannya Yahya Khan mengundurkan diri (20 Disember 1971).
Dia digantikan oleh menteri luar negerinya, Zulfikar Ali Bhutto, yang menempatkannya di bawah tahanan rumah. Tidak lama kemudian, dia lumpuh akibat serangan angin ahmar dan, setelah dibebaskan, tidak memainkan peranan penting politik.
